根據政協章程規定，深圳市政協設常務委員會，常務委員會由主席、副主席、秘書長和常務委員組成，每屆任期五年。

深圳市政協設立辦公廳、提案委員會、經濟委員會、人口資源環境委員會、科教衛體委員會、社會法制和民族宗教委員會、港澳臺僑和外事委員會、文化文史委、聯絡工作委員會。辦公廳下設秘書處、人事處、研究室（綜合處）、行政接待處、宣傳信息處等5個處室。8個專門委員會各下設工作處。